Registre phytosanitaire : tout ce qu’il faut savoir
Cet article a été écrit avec les informations disponibles en date du 9 février 2026. Celles-ci peuvent toutefois évoluer à tout moment au fur et à mesure des publications légales françaises.
Le registre phytosanitaire qu’est-ce que c’est ?
Le registre phytosanitaire est un document obligatoire pour les utilisateurs professionnels de produits phytopharmaceutiques. Il assure la traçabilité des traitements effectués sur une exploitation agricole et constitue une preuve de conformité lors des contrôles.
La réglementation en matière d’utilisation de produits phytosanitaires a évolué depuis le 1er janvier 2026. Néanmoins l’obligation de posséder un registre phytosanitaire sous un format numérique lisible par machine est repoussé au 1er janvier 2027. Cet article décrypte les changements à venir et les bonnes pratiques pour s’y préparer efficacement.
Compléter son registre phytosanitaire
Compléter son registre phytosanitaire est une obligation réglementaire depuis 2006 dans le cadre de la conditionnalité des aides agricoles. Ce document est essentiel pour la traçabilité et la gestion des traitements phytosanitaires. Il apporte en effet une organisation rigoureuse pour adapter vos pratiques selon les risques identifiés, comme l’enherbement d’une parcelle.
Cette obligation découle de l’arrêté du 16 juin 2009, renforcée par le règlement européen (CE) n°1107/2009.
Important : Tenir son registre phytosanitaire au format PDF ou Excel non structuré ou papier ne sera plus conforme aux nouvelles exigences réglementaires. Sa mise à jour reste toutefois obligatoire pour répondre aux critères d’éligibilité des aides agricoles.
Registre phytosanitaire : les informations clés à renseigner
Il est indispensable de renseigner certaines informations essentielles sur son registre, comme :
- Le numéro SIRET de l’établissement détenteur du registre (ou bénéficiaire dans le cas d’une prestation de service)
- Le produit phytopharmaceutique utilisé (dénomination commerciale) + numéro AMM
- Dans le cas d’une semence traitée, le(s) nom(s) de la (des) substance(s) active(s)
- Les doses appliquées et leur unité (y compris densité de semis pour les semences traitées)
- La localisation ou la détermination de la surface ou de l’unité traitée (numéro d’ilot PAC et nom de la parcelle)
- La date de l’applications
- La taille ou la quantité de la surface ou de l’unité traitée
- L’emblavement de la parcelle (dénomination de la culture)
- Le cas échéant, l’utilisateur devra aussi indiquer :
- L’horaire de début et de fin lorsque la réglementation ou l’amm le prévoit ;
- Le délai de rentrée anticipée, le lieu et le motif ;
- Le stade phénologique de la culture lorsque la réglementation ou l’amm le prévoit ;
- Le numéro de lot sans le cas d’un traitement de semences ou de plants ou d’un semis de semences traitées.
Ce registre, à conserver cinq ans, sert également d’outil de référence lors des contrôles administratifs et contribue à l’optimisation des pratiques culturales au fil des ans.
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Contexte de la réforme
Depuis 15 ans, en application du règlement no 1107/2009 et de l’arrêté français du 16 juin 2009 relatif aux conditions dans lesquelles les exploitants mentionnés à l’article L. 257-1 tiennent le registre mentionné à l’article L. 257-3 du code rural, les utilisateurs professionnels de produits phytopharmaceutiques (dont les professionnels du monde agricole) doivent :
- Tenir des registres des produits
- Communiquer les informations contenues dans ces registres à l’autorité compétente si celle-ci en fait la demande
En 2020, l’adoption de la stratégie «De la ferme à la table» – mise en place par la Commission européenne – vise à réduire la dépendance aux produits phytopharmaceutiques chimiques et le recours à ces produits.
La tenue de registres adéquats, autant sur le format que sur le contenu, relatant l’utilisation des produits phytopharmaceutiques est ainsi inévitablement devenu une priorité des gouvernements pour satisfaire aux exigences de cette stratégie européenne.
Le format électronique a justement été acté en application de ce règlement. Le calendrier a été adapté avec la parution d’un nouvel arrêté fin décembre 2025, repoussant par dérogation, l’obligation de convertir les interventions au format numérique au 1er janvier 2027.
Quel délai pour enregistrer les utilisations de produits phytosanitaires ?
Avant le 1er janvier 2030, Les utilisations de produits phytosanitaires doivent être saisies au format électronique avant le 31 janvier de l’année suivante.
Après le 1er janvier 2030, Les utilisations de produits phytosanitaires doivent être saisies au format électronique dans un délai de 30 jours.
Cependant, les États membres peuvent définir des délais plus courts. À ce jour, en France, le délai de 30 jours reste la norme.
Quels contenus pour le futur registre numérique ?
Exigé à partir du 1er janvier 2027, le registre numérique d’une exploitation comporterait 4 parties :
- 1ère partie : les traitements réalisés en système ouvert (les parcelles de plein champs)
- 2ème partie : les traitements réalisés en système fermé (serre de culture, ou cellule de stockage)
- 3ème partie : les traitements de semences effectués directement sur l’exploitation
- 4ème partie : les semis de semences déjà traitées
Comment se dérouleront les contrôles en 2027 ?
Ce registre est tenu à disposition des autorités de contrôle pendant la durée prescrite (5 ans).
Lorsque l’autorité compétente demande à l’utilisateur professionnel de lui communiquer les informations contenues dans le registre, celui-ci lui fournit ces informations sans tarder. En outre, les autorités compétentes pourront explicitement exiger que ces informations contenues dans le registre leur soient communiquées au format électronique prescrit. Les informations devant figurer dans ce registre doivent respecter les délais d’enregistrement mentionnés ci-dessus.
Quels impacts pour les Entreprises de Travaux Agricoles qui réalisent des applications phytosanitaires pour leur client ?
Le règlement précise que les utilisateurs professionnels qui agissent pour le compte de clients avec lesquels ils ont un accord contractuel doivent “[fournir] à leur client, sans tarder et sans restrictions, un accès aux registres ou une copie de ces registres”.
Cela implique, pour les ETA, non seulement de tenir un registre phytosanitaire conforme, mais aussi de s’assurer que les informations sont complètes, à jour et facilement transmissibles. Cette exigence renforce l’importance d’une traçabilité irréprochable, tant pour répondre aux obligations réglementaires que pour garantir la transparence vis-à-vis des exploitants.
Dans ce contexte, la fiche travaux sanitaires devient un outil de choix : elle permet de consigner avec précision toutes les interventions réalisées, en détaillant les produits utilisés, les doses, les conditions d’application et les dates d’intervention. En maîtrisant cette étape, les entreprises se mettent en conformité tout en sécurisant leurs relations contractuelles avec leurs clients.
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En résumé
- Mise en application du « format électronique » au 1er janvier 2027 (et non plus janvier 2026 – report d’un an)
- Les informations à renseigner sont connues
- Le support informatique est obligatoire, les supports papier ne seront plus autorisés
- Utilisation des produits avant le 1er janvier 2030 : saisie au format électronique avant le 31 janvier de l’année suivante
- Utilisation des produits après le 1er janvier 2030 : saisie au format électronique dans un délais de 30 jours
- Les discussions sur la nomenclature des fichiers informatiques attendus par les autorités compétentes sont encore en cours avec la profession agricole (annonce de la ministre de l’Agriculture A. Genavard du 09/01/2026)
- Les ETA doivent mettre à disposition de leur client un accès aux registres qui les concernent
- À ce jour, il n’y a pas d’outil centralisé du gouvernement Français ou de la commission européenne pour télédéclarer ses interventions
Questions / Réponses
- À partir de quand le registre phytosanitaire doit-il être numérique ?Initialement fixée au 1er janvier 2026, l’obligation de dématérialisation des registres phytosanitaires entre en vigueur le 1er janvier 2027, conformément à la décision adoptée par les États membres de l’UE à l’automne 2025
- Pourquoi cette obligation numérique ?Cette évolution répond à trois objectifs :
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- Harmoniser le contenu et le format des registres phytos à travers l’Europe
- Registre tenu sous forme électronique, dans un format lisible par une machine
- Contribuer à la réalisation des objectifs la stratégie « De la ferme à la table »
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- Quels formats numériques sont acceptés ?Les formats autorisés incluent les exports structurés depuis les logiciels agricoles (XML, CSV, etc.), fichiers Excel structurés ou PDF générés automatiquement depuis un système informatique. Les documents scannés ou les fichiers non structurés (ex. PDF manuscrit) sont rejetés.
- Que doit contenir le registre phytosanitaire ?
- Le numéro SIRET de l’établissement détenteur du registre (ou bénéficiaire dans le cas d’une prestation de service)
- Le produit phytopharmaceutique utilisé (dénomination commerciale) + numéro AMM
- Dans le cas d’une semence traitée, le(s) nom(s) de la (des) substance(s) active(s)
- Les doses appliquées et leur unité (y compris densité de semis pour les semences traitées)
- La localisation ou la détermination de la surface ou de l’unité traitée (numéro d’ilot PAC et nom de la parcelle)
- La date de l’applications
- La taille ou la quantité de la surface ou de l’unité traitée
- L’emblavement de la parcelle (dénomination de la culture)
- Le cas échéant, l’utilisateur devra aussi indiquer :
- L’horaire de début et de fin lorsque la réglementation ou l’amm le prévoit ;
- Le délai de rentrée anticipée, le lieu et le motif ;
- Le stade phénologique de la culture lorsque la réglementation ou l’amm le prévoit ;
- Le numéro de lot sans le cas d’un traitement de semences ou de plants ou d’un semis de semences traitées.
- Quel est le délai pour enregistrer les traitements ?Mise en œuvre progressive en France avec 2 phases:
- Utilisation des produits avant le 1er janvier 2030 : saisie au format électronique avant le 31 janvier de l’année suivante
- Utilisation des produits après le 1er janvier 2030 : saisie au format électronique dans un délais de 30 jours
- Combien de temps doit-on conserver le registre ?Le registre phytosanitaire doit être conservé pendant 5 ans. Il doit être disponible immédiatement sur demande des autorités compétentes.
- Registre phyto et Entreprises de Travaux Agricoles (ETA) : quels impacts pour ces dernières ?
Les utilisateurs professionnels intervenant pour des clients dans le cadre d’un contrat doivent mettre immédiatement à disposition de ces derniers, sans restriction, l’accès au registre ou une copie de celui-ci.
Pour une ETA, cela se traduit par :
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Tenir un registre phytosanitaire conforme aux exigences légales
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Garantir des données complètes, actualisées et facilement exportables/transmissibles
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S’appuyer sur une fiche de travaux phytosanitaires précisant les produits employés, les doses, les modalités/conditions d’application et les dates d’intervention
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- Qui est concerné par cette obligation ?Tous les utilisateurs professionnels de produits phytosanitaires : agriculteurs, viticulteurs, maraîchers, collectivités, prestataires, ETA… L’ensemble des exploitations utilisant de tels produits est concerné.
- Comment anticiper la transition ?
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- Adopter dès maintenant un logiciel agricole compatible, comme Smag Farmer
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- Tester et se former à l’utilisation des outils numériques
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- Se faire accompagner: coopératives, négoces, centres de gestions, chambres d’agriculture…
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- Je ne suis pas à l’aise avec l’outil informatique ou je ne suis pas encore équipé d’un logiciel adapté : que puis-je faire ?
Rapprochez-vous de votre conseiller ou de votre structure habituelle qui pourra saisir les informations obligatoires et vous remettre le document numérique à présenter en cas de contrôle.
Par ailleurs, en adoptant un logiciel simple et opérationnel comme Smag Farmer, la saisie et l’export du registre se font en quelques clics.
- Quel est le lien entre le carnet de plaine et le registre phytosanitaire ?
Le carnet de plaine et le registre phytosanitaire forment un duo complémentaire dans le suivi rigoureux du pilotage des cultures. Le premier consigne, en amont, les observations et arbitrages terrain (état des cultures, bioagresseurs, météo), quand le second trace l’ensemble des interventions réalisées. Croisées, ces données apportent une traçabilité complète – de l’observation à l’application -, renforcent la conformité réglementaire et sécurisent l’optimisation technique des parcelles.
