Registre phytosanitaire : tout ce qu’il faut savoir
Cet article a été écrit avec les informations disponibles en date du 7 octobre 2025. Celles-ci peuvent toutefois évoluer à tout moment au fur et à mesure des publications légales françaises.
Le registre phytosanitaire qu’est-ce que c’est ?
Le registre phytosanitaire est un document obligatoire pour les utilisateurs professionnels de produits phytopharmaceutiques. Il assure la traçabilité des traitements effectués sur une exploitation agricole et constitue une preuve de conformité lors des contrôles.
La réglementation en matière d’utilisation de produits phytosanitaires évolue. À partir du 1er janvier 2027, et non plus 2026, le registre phytosanitaire devra être tenu sous un format numérique lisible par machine. Cet article décrypte les changements à venir et les bonnes pratiques pour s’y préparer efficacement.
Compléter son registre phytosanitaire
Compléter son registre phytosanitaire est une obligation réglementaire depuis 2006 dans le cadre de la conditionnalité des aides agricoles. Ce document est essentiel pour la traçabilité et la gestion des traitements phytosanitaires. Il apporte en effet une organisation rigoureuse pour adapter vos pratiques selon les risques identifiés, comme l’enherbement d’une parcelle.
Cette obligation découle de l’arrêté du 16 juin 2009, renforcée par le règlement européen (CE) n°1107/2009.
Important : Tenir son registre phytosanitaire au format PDF ou Excel non structuré n’est plus conforme aux nouvelles exigences réglementaires. Sa mise à jour reste toutefois obligatoire pour répondre aux critères d’éligibilité des aides agricoles.
Registre phytosanitaire : les informations clés à renseigner
Il est indispensable de renseigner certaines informations essentielles sur son registre, comme :
- Le produit phytopharmaceutique utilisé (dénomination commerciale)
- Les doses appliquées et leur unité
- La localisation ou la détermination de la surface ou de l’unité traitée (numéro d’ilot PAC et nom de la parcelle)
- La date et l’heure des applications (début et fin de l’utilisation)
- La taille ou la quantité de la surface ou de l’unité traitée
- L’emblavement de la parcelle
Les états membres ont la liberté d’enrichir ce socle minimal de variables et en France, il faudrait y ajouter (sans certitude car les textes ne sont pas parus à date, en novembre 2024) :
- La présence repérée d’organisme nuisible ou de symptômes susceptibles d’affecter la sécurité sanitaire des produits d’origine végétale destinés à l’alimentation humaine ou animale, y compris en pâture
- Le nom de l’organisme nuisible ou, à défaut, une description de l’anomalie constatée
- La date du premier constat
- La date de récolte
- La variété de la culture emblavée
Ce registre, à conserver cinq ans, sert également d’outil de référence lors des contrôles administratifs et contribue à l’optimisation des pratiques culturales au fil des ans.
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Contexte de la réforme
Depuis 15 ans, en application du règlement no 1107/2009 et de l’arrêté français du 16 juin 2009 relatif aux conditions dans lesquelles les exploitants mentionnés à l’article L. 257-1 tiennent le registre mentionné à l’article L. 257-3 du code rural, les utilisateurs professionnels de produits phytopharmaceutiques (dont les professionnels du monde agricole) doivent :
- Tenir des registres des produits
- Communiquer les informations contenues dans ces registres à l’autorité compétente si celle-ci en fait la demande
En 2020, l’adoption de la stratégie «De la ferme à la table» – mise en place par la Commission européenne – vise à réduire la dépendance aux produits phytopharmaceutiques chimiques et le recours à ces produits.
La tenue de registres adéquats, autant sur le format que sur le contenu, relatant l’utilisation des produits phytopharmaceutiques est ainsi inévitablement devenu une priorité des gouvernements pour satisfaire aux exigences de cette stratégie européenne.
Le format électronique a justement été acté en application de ce règlement. Le calendrier est donc d’ores et déjà fixé, et ce règlement européen doit rentrer en application dans chaque état membre à partir du 1er janvier 2027.
Quel délai pour enregistrer les utilisations de produits phytosanitaires ?
Le règlement impose que les interventions soient enregistrées sans tarder. Si elles ne sont pas directement consignées dans un registre électronique, elles doivent être converties au format numérique sous 30 jours maximum après application.
Cependant, les États membres peuvent définir des délais plus courts. À ce jour, en France, le délai de 30 jours reste la norme.
Comment se dérouleront les contrôles en 2027 ?
Ce registre est tenu à disposition des autorités de contrôle pendant la durée prescrite (5 ans).
Lorsque l’autorité compétente demande à l’utilisateur professionnel de lui communiquer les informations contenues dans le registre, celui-ci lui fournit ces informations sans tarder. En outre, les autorités compétentes pourront explicitement exiger que ces informations contenues dans le registre leur soient communiquées au format électronique prescrit. Les informations devant figurer dans ce registre doivent respecter les délais d’enregistrement mentionnés ci-dessus.
Quels impacts pour les Entreprises de Travaux Agricoles qui réalisent des applications phytosanitaires pour leur client ?
Le règlement précise que les utilisateurs professionnels qui agissent pour le compte de clients avec lesquels ils ont un accord contractuel doivent “[fournir] à leur client, sans tarder et sans restrictions, un accès aux registres ou une copie de ces registres”.
Cela implique, pour les ETA, non seulement de tenir un registre phytosanitaire conforme, mais aussi de s’assurer que les informations sont complètes, à jour et facilement transmissibles. Cette exigence renforce l’importance d’une traçabilité irréprochable, tant pour répondre aux obligations réglementaires que pour garantir la transparence vis-à-vis des exploitants.
Dans ce contexte, la fiche travaux sanitaires devient un outil de choix : elle permet de consigner avec précision toutes les interventions réalisées, en détaillant les produits utilisés, les doses, les conditions d’application et les dates d’intervention. En maîtrisant cette étape, les entreprises se mettent en conformité tout en sécurisant leurs relations contractuelles avec leurs clients.
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En résumé
- Mise en application au 1er janvier 2027 (et non plus janvier 2026 – report d’un an)
- Les informations à renseigner sont connues
- Le support informatique est obligatoire, les supports papier ne seront plus autorisés
- Le délai entre l’application et l’enregistrement de l’intervention dans le registre est de 30 jours maximum
- La nomenclature des fichiers informatiques attendus par les autorités compétentes n’est pas connue
- Les ETA doivent mettre à disposition de leur client un accès aux registres qui les concernent
- À ce jour, il n’y a pas d’outil centralisé du gouvernement Français ou de la commission européenne pour télédéclarer ses interventions
Questions / Réponses
- À partir de quand le registre phytosanitaire doit-il être numérique ?À compter du 1er janvier 2027, le registre phytosanitaire doit impérativement être tenu dans un format numérique structuré, lisible par machine – les versions papier, PDF scanné ou Excel non structurés ne seront plus conformes à la réglementation.
- Pourquoi cette obligation numérique ?Cette évolution répond à trois objectifs :
-
- Renforcer la traçabilité et la fiabilité des données phytosanitaires ;
-
- Assurer la transparence vis-à-vis des consommateurs ;
-
- Moderniser les pratiques agricoles dans le cadre du Plan Écophyto 2030.
-
- Quels formats numériques sont acceptés ?Les formats autorisés incluent les exports structurés depuis les logiciels agricoles (XML, CSV, etc.), fichiers Excel structurés ou PDF générés automatiquement depuis un système informatique. Les documents scannés ou les fichiers non structurés (ex. PDF manuscrit) sont rejetés.
- Que doit contenir le registre phytosanitaire ?
Socle essentiel à enregistrer :
-
Dénomination commerciale du produit phytopharmaceutique utilisé
-
Dose appliquée et unité correspondante
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Localisation précise de l’intervention : identification de la surface/unité traitée (n° d’îlot PAC et nom de parcelle)
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Date et horaires d’application (début et fin)
-
Superficie ou volume effectivement traités
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Culture implantée sur la parcelle (emblavement)
Des compléments sont possibles (suivant la volonté des États membres) et, en France, des ajouts sont pressentis (sous réserve de publication de nouveaux textes, état à novembre 2024) :
-
Présence observée d’un organisme nuisible ou de symptômes pouvant affecter la sécurité sanitaire des productions végétales destinées à l’alimentation humaine ou animale, y compris en pâture
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Nom de l’organisme nuisible identifié ou, à défaut, description de l’anomalie constatée
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Date du premier constat
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Date de récolte
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Variété de la culture
-
- Quel est le délai pour enregistrer les traitements ?L’enregistrement dans le registre doit intervenir au plus tard dans les 30 jours suivant l’application. Les États membres peuvent imposer des délais plus courts, mais en France, le délai de 30 jours reste applicable.
- Combien de temps doit-on conserver le registre ?Le registre phytosanitaire doit être conservé pendant 5 ans. Il doit être disponible immédiatement sur demande des autorités compétentes.
- Registre phyto et Entreprises de Travaux Agricoles (ETA) : quels impacts pour ces dernières ?
Les utilisateurs professionnels intervenant pour des clients dans le cadre d’un contrat doivent mettre immédiatement à disposition de ces derniers, sans restriction, l’accès au registre ou une copie de celui-ci.
Pour une ETA, cela se traduit par :
-
Tenir un registre phytosanitaire conforme aux exigences légales
-
Garantir des données complètes, actualisées et facilement exportables/transmissibles
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S’appuyer sur une fiche de travaux phytosanitaires précisant les produits employés, les doses, les modalités/conditions d’application et les dates d’intervention
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- Qui est concerné par cette obligation ?Tous les utilisateurs professionnels de produits phytosanitaires : agriculteurs, viticulteurs, maraîchers, collectivités, prestataires, ETA… L’ensemble des exploitations utilisant de tels produits est concerné.
- Comment anticiper la transition ?
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- Adopter dès maintenant un logiciel agricole compatible, à l’instar de SMAG Farmer
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- Tester et se former à l’utilisation des outils numériques
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- Se faire accompagner : coopératives, négoces, centres de gestions, chambres d’agriculture…
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- Je ne suis pas à l’aise avec l’outil informatique ou je ne suis pas encore équipé d’un logiciel adapté : que puis-je faire ?
Rapprochez-vous de votre conseiller ou de votre structure habituelle qui pourra saisir les informations obligatoires et vous remettre le document numérique à présenter en cas de contrôle.
Par ailleurs, en adoptant un logiciel simple et opérationnel comme Smag Farmer, la saisie et l’export du registre se font en quelques clics.
- Quel est le lien entre le carnet de plaine et le registre phytosanitaire ?
Le carnet de plaine et le registre phytosanitaire forment un duo complémentaire dans le suivi rigoureux du pilotage des cultures. Le premier consigne, en amont, les observations et arbitrages terrain (état des cultures, bioagresseurs, météo), quand le second trace l’ensemble des interventions réalisées. Croisées, ces données apportent une traçabilité complète – de l’observation à l’application -, renforcent la conformité réglementaire et sécurisent l’optimisation technique des parcelles.
